Segnato dal segno sulla sua mano, Link era destinato a diventare un eroe, ma nei giorni pacifici che seguirono la sua prima impresa, divenne irrequieto. Vagò per le foreste, attraversò i deserti e si addentrò nelle caverne di Hyrule, cercando indizi per spiegare la sua sensazione di disagio. Col tempo, si rese conto di un sussurro che si diffondeva tra gli uccelli, le bestie e persino tra i fili d'erba: c'era una nuova magia nella terra, senza nome e terrificante.
Giacendo immobile come una biglia, la principessa Zelda dormiva il sonno senza sogni dell'incantesimo. Quando Link la trovò così vestita nel Palazzo del Nord, capì subito che era incantata. La sua più grande paura si era avverata. Rifiutandosi di rivelare il potere segreto del Triforce per un mago, Zelda aveva causato la sua stessa rovina. Ma non tutto era perduto. Se Link in qualche modo ha svelato il mistero del Grande Palazzo, potrebbe salvare Zelda e il Triforce di Coraggio.
Di nuovo Link si riversarono nei campi e nelle foreste, ma questi luoghi erano diventati selvaggi e pericolosi, abitati da nemici di un tempo. Link si ritrovò a fare affidamento sul suo ingegno e sulla sua abilità con la spada a ogni passo. Creature che non aveva mai visto prima lo assalirono: ragni chiamati Deelers che cadevano dagli alberi, alti Geldarm che emergevano dalle sabbie del deserto di Tantari e, naturalmente, Moblins, armati di lance e odio.
LinkLa missione era quella di entrare in ognuno dei sei palazzi e restituire un cristallo mancante a una statua. Insieme, le statue crearono una serratura magica sul Grande Palazzo. Solo sostituendo i sei cristalli si sarebbe potuto... Link aprire la porta finale. In ogni palazzo, tuttavia, dovette combattere contro un Guardiano della Statua di grande forza: Barba il Drago, Ironknucle il Cavaliere, Carock il Mago e altri.
Mentre chiudeva i palazzi, Link attraversato l'intero Hyrule, da Ruto a nord-ovest alla Montagna della Morte a sud, dal Palazzo dell'Isola nello Stretto Tempestoso all'Isola del Labirinto nel Mare dell'Estremo Oriente. Aiutò gli abitanti del villaggio quando poté, ma non perse mai di vista il suo obiettivo finale. Infine, dopo aver scoperto i segreti del Vecchio Kasuto, Link si diresse verso il Grande Palazzo dove incontrò il Thunderbird.
Una volta sconfitto il Thunderbird, Link pensava che Zelda e Hyrule sarebbe stato salvato, ma non doveva esserlo...non ancora. Esausto dal suo viaggio, Link aveva un altro nemico da sconfiggere, un nemico così inaspettato che non sapeva cosa fare, perché il nemico era la sua stessa ombra.
