Segnato dal segno sulla mano, Link era destinato a diventare un eroe, ma nei giorni di pace che seguirono la sua prima missione, divenne irrequieto. Vagò per le foreste, attraversò i deserti e si addentrò nelle caverne di Hyrule, cercando indizi che spiegassero la sua sensazione di disagio. Col tempo, percepì un sussurro che si diffondeva tra uccelli, animali e persino tra i fili d'erba: c'era una nuova magia nella terra, senza nome e terrificante.
Giaceva immobile come una biglia, la principessa Zelda dormiva il sonno senza sogni dell'incantesimo. Quando Link la trovò così abbigliata nel Palazzo Nord, capì subito che era incantata. La sua più grande paura si era avverata. Rifiutandosi di rivelare il potere segreto della Triforza a un mago, Zelda aveva causato la propria rovina. Ma non tutto era perduto. Se Link avesse in qualche modo svelato il mistero del Grande Palazzo, avrebbe potuto salvare Zelda e la Triforza del Coraggio.
Link si diresse di nuovo verso i campi e le foreste, ma questi luoghi erano diventati selvaggi e pericolosi, abitati da nemici di vecchia data. Link si ritrovò a fare affidamento sul suo ingegno e sulla sua abilità con la spada a ogni passo. Creature mai viste prima lo assalirono: ragni chiamati Deeler che cadevano dagli alberi, alti Geldarm che emergevano dalle sabbie del Deserto Tantari e, naturalmente, i Moblin, armati di lance e odio.
La missione di Link era quella di entrare in ognuno dei sei palazzi e restituire un cristallo mancante a una statua. Insieme, le statue crearono una serratura magica per il Grande Palazzo. Solo sostituendo i sei cristalli, Link poté aprire la porta finale. In ogni palazzo, tuttavia, dovette affrontare un Guardiano delle Statue di grande forza: Barba il Drago, Ironknucle il Cavaliere, Carock il Mago e altri.
Mentre chiudeva i palazzi, Link attraversò l'intera Hyrule, da Ruto a nord-ovest al Monte Morte a sud, dal Palazzo dell'Isola nello Stretto Tempestoso all'Isola del Labirinto nel Mare dell'Estremo Oriente. Aiutò gli abitanti del villaggio quando poté, ma non perse mai di vista il suo obiettivo finale. Infine, dopo aver scoperto i segreti del Vecchio Kasuto, Link si diresse verso il Grande Palazzo dove incontrò il Tuono Volante.
Una volta sconfitto il Thunderbird, Link pensò che Zelda e Hyrule sarebbero stati salvati, ma non era destino... non ancora. Esausto dal viaggio, Link aveva un altro nemico da sconfiggere, un nemico così inaspettato che non sapeva cosa fare, perché il nemico era la sua stessa ombra.
