Regina Gohma (All'interno dell'albero Deku): 
Quando entri nella camera del boss, guarda in alto per individuare la Regina Gohma sul soffitto. Si abbasserà per attaccarti. Quando il suo occhio diventa rosso, sparale velocemente con la Fionda Fatata per stordirla. Mentre è stordita, avvicinati e sferra dei fendenti in salto con la tua spada. Ripeti questo processo finché non la sconfiggerai.
Re Dodongo (Caverna di Dodongo):
King Dodongo inspirerà profondamente prima di rilasciare un flusso di fuoco. Mentre apre la bocca, lanciategli dentro una Bomba o un Fiore Bomba. L'esplosione lo stordirà, consentendovi di colpirlo con la spada. Dopo essersi ripreso, rotolerà per la stanza; difendetevi con lo Scudo Hylian o spostatevi di lato per evitare danni. Ripetete la sequenza di bombardamento e attacco per sconfiggerlo.
Barinade (Dentro la pancia di Jabu-Jabu):
Inizia prendendo di mira e tagliando i tentacoli che attaccano Barinade al soffitto usando il Boomerang. Una volta staccato, Barinade rilascerà delle meduse elettrificate che orbiteranno attorno a lui. Usa il Boomerang per stordire Barinade, quindi elimina le meduse circostanti. Dopo averle eliminate, stordisci di nuovo Barinade e attacca il suo corpo principale con la tua spada. Fai attenzione ai suoi attacchi rotanti e alle scariche elettriche.
Phantom Ganon (Tempio della Foresta):
Nella prima fase, Phantom Ganon entrerà nei dipinti e ti caricherà. Osserva i dipinti per identificare il vero Phantom Ganon (emergerà da un dipinto con un bagliore più luminoso); sparagli con il Fairy Bow mentre esce. Dopo alcuni colpi, inizia la seconda fase, in cui fluttua nell'arena, lanciando sfere di energia. Deviale con la tua spada finché non sarà stordito, quindi avvicinati e attacca. Ripeti fino alla vittoria.
Volvagia (Tempio del Fuoco):
Volvagia emergerà da una delle fosse di lava nell'arena. Fai attenzione alla fossa che emette fumo per anticipare dove apparirà. Quando emerge, colpisci rapidamente la sua testa con il Megaton Hammer per stordirlo, quindi continua con attacchi con la spada. Dopodiché, volerà in giro, sputando fuoco o facendo cadere rocce dal soffitto. Continua a muoverti per evitare questi attacchi. Ripeti il processo finché non lo avrai sconfitto.
Morpha (Tempio dell'Acqua):
Morpha manipola l'acqua per formare tentacoli che mirano ad afferrarti e lanciarti. Usa il Longshot per tirare fuori il nucleo (il nucleo rosso) dall'acqua. Una volta esposto, attaccalo con la tua spada. Posizionarti in un angolo può aiutarti a evitare di essere afferrato. Continua questa tattica, rimanendo vigile sui tentacoli d'acqua, finché Morpha non viene sconfitto.
Bongo Bongo (Tempio delle Ombre):
Equipaggia la Lente della Verità per vedere il corpo principale di Bongo Bongo. Inizia stordendogli entrambe le mani usando l'Arco delle Fate. Una volta che entrambe le mani sono inabili, usa la Lente della Verità per vedere il suo occhio e scoccagli una freccia per stordirlo ulteriormente. Mentre è stordito, attacca il suo occhio con la tua spada. Fai attenzione ai movimenti della piattaforma del tamburo bongo, poiché possono compromettere la tua mira e il tuo equilibrio.
Twinrova (Tempio degli Spiriti):
La battaglia inizia contro due streghe, Koume (fuoco) e Kotake (ghiaccio). Usa lo scudo a specchio per riflettere i rispettivi attacchi contro di loro. Dopo aver ricevuto abbastanza colpi, si fonderanno in Twinrova. In questa fase, assorbi tre attacchi consecutivi dello stesso elemento con lo scudo a specchio; una volta caricato, rilascia l'energia accumulata contro di lei per stordirla, quindi attacca con la tua spada. Ripeti questo ciclo, assicurandoti di assorbire lo stesso elemento tre volte per scatenare un potente contrattacco.
Ganondorf (Castello di Ganon):
Ganondorf volteggerà e ti lancerà delle sfere di energia. Respingile con la tua spada; questo darà inizio a una raffica finché uno di voi non verrà colpito. Una volta che è stato colpito dal suo stesso attacco, colpiscilo rapidamente con una Freccia di Luce per farlo cadere, quindi avvicinati e colpisci con la tua spada. Fai attenzione al suo attacco a terra, che invia onde d'urto. Ripeti la sequenza di raffica, stordimento e attacco. Dopo averlo sconfitto, scappa dal castello che crolla con la Principessa Zelda.
Ganon (Rovine del Castello di Ganon):
Senza la Master Sword inizialmente, dovrai affidarti al Megaton Hammer o ad altre armi. Ganon attaccherà con grandi spade e movimenti ampi. Prendi di mira la sua testa e usa Light Arrows per stordirlo, poi rotola tra le sue gambe per raggiungere e attaccare la sua coda, il suo punto debole. Dopo un certo punto, la Principessa Zelda creerà un'opportunità per te di recuperare la Master Sword. Una volta armato, continua a prendere di mira la sua coda finché non sarà definitivamente sconfitto.