Sono passati mesi da quando l'Eroe del Tempo ha salvato Hyrule dalle grinfie di Ganondorf in Ocarina of TimeSpinto da una ricerca personale, un giovane Link cavalca il suo fedele destriero, Epona, nelle profondità degli oscuri e tortuosi sentieri del Bosco Perduto. Non cerca l'avventura, ma un caro amico perduto dopo le loro prove condivise: la sua compagna fatata, Navi.
Invece di trovare Navi, LinkLa ricerca solitaria di viene interrotta violentemente. Due fate dispettose, dalla lingua tagliente, Tatl e il suo timido fratello Tael, scagliarsi fuori, sorprendendo Epona e invio Link precipitando sul terreno della foresta. Prima che possa reagire, una figura emerge dall'oscurità: uno strano Skull Kid, il volto oscurato da una maschera a forma di cuore inquietantemente decorata, pulsante di energia oscura: Majorala maschera.
Posseduto dal potere malevolo della maschera, il Ragazzo Teschio fruga tra gli storditi Linkgli effetti personali, strappando il prezioso Ocarina of Time. Link si lancia disperatamente, affrontando il Ragazzo Teschio, ma la creatura dispettosa si riprende all'istante. Con una risata crudele, il Ragazzo Teschio salta sul ragazzo in preda al panico Epona e galoppa via, scomparendo nelle fauci spalancate di un grande tronco d'albero morto che forma un tunnel buio.
Determinato a recuperare il cavallo rubato e lo strumento sacro, Link lo insegue a piedi, precipitandosi nel bizzarro passaggio. Il sentiero si snoda in modo innaturale, portandolo improvvisamente su una sporgenza. Perdendo l'equilibrio, Link precipita in un abisso disorientante, atterrando con un tonfo su un grande Deku Fiore molto più in basso. Alza lo sguardo e vede il Ragazzo Teschio, affiancato da Tatl e Tael, che lo aspetta. Sollevando l'Ocarina in modo beffardo, il Ragazzo Teschio scatena una terrificante maledizione. La magia oscura lo avvolge. Link, torcendo dolorosamente il suo corpo, rimpicciolendolo nella forma legnosa di un indifeso Deku Macchia.
Compiuta la sua crudele azione, il Ragazzo Teschio si lancia attraverso una porta vicina con Tael, abbandonando spietatamente Tatl. Intrappolato e inizialmente incolpando Link Per la sua situazione, Tatl si rende presto conto di essere bloccata con l'eroe trasformato. Cercando di riunirsi con suo fratello e affrontare Skull Kid, controllato dalla maschera, accetta a malincuore di aiutarlo. Link orientarsi in questo strano posto.
Passando attraverso la porta, Deku Link e Tatl non emergono di nuovo nel bosco, ma nella base scarsamente illuminata di una colossale Torre dell'Orologio. Sono inciampati in Termina, un mondo parallelo a HyruleQui incontrano immediatamente l'enigmatico Felice venditore di maschereRiconosce la maledizione che affligge Link e rivela la terribile verità: il malevolo MajoraLa maschera di 's gli è stata rubata, e lui incarichi Link con il recupero entro un semplice tre giorni.
Uscendo dalla Torre dell'Orologio e addentrandosi nel vivace centro di Clock Town, il vero orrore diventa evidente. Incombe minacciosamente basso nel cielo TerminaLa Luna, il suo volto contratto in una smorfia terrificante e maliziosa. Potenziato da MajoraMaschera di 's, il Skull Kid lo ha messo su una rotta di collisione. In soli 72 ore, la Luna si schianterà, annientando Clock Town e tutto Termina.
Intrappolato in un corpo strano, in una terra sconosciuta che si trova di fronte a una rovina imminente, LinkLa ricerca di diventa disperatamente urgente. Riuscirà a navigare in questo mondo condannato, a trovare un modo per riconquistare la sua Hylian forma, recupera il Ocarina of Time per manipolare forse il flusso di queste ultime ore, salvare Epona, fermare Skull Kid, recuperare il pericoloso MajoraMaschera per il venditore e risparmia Termina dalla distruzione totale prima che scada il tempo? Il conto alla rovescia dei tre giorni è iniziato.
