Sono passati mesi da quando l'Eroe del Tempo ha salvato Hyrule dalle grinfie di Ganondorf in Ocarina of TimeSpinto da una ricerca personale, il giovane Link in sella alla sua fedele destriera, Epona, si addentra nei sentieri oscuri e tortuosi del Bosco Perduto. Non è alla ricerca di avventure, ma di un caro amico perduto dopo le loro comuni prove: la sua compagna fatata, Navi.
Invece di trovare Navi, la ricerca solitaria di Link viene interrotta bruscamente. Due fate dispettose, le... Tatl e il suo timido fratello Tael, scattano fuori, spaventando Epona e facendo cadere Link sul terreno della foresta. Prima che possa reagire, una figura emerge dall'oscurità: uno strano Skull Kid, il volto oscurato da una maschera a forma di cuore inquietantemente decorata, pulsante di energia oscura: la maschera di Majora.
Posseduto dal potere malevolo della maschera, il Ragazzo Teschio fruga tra gli effetti personali dello stordito Link, strappando il prezioso Ocarina of TimeLink si lancia disperatamente, affrontando lo Skull Kid, ma la creatura dispettosa si riprende all'istante. Con una risata crudele, lo Skull Kid salta su Epona in preda al panico e galoppa via, scomparendo nelle fauci spalancate di un grande tronco d'albero morto che forma un tunnel buio.
Determinato a recuperare il cavallo rubato e il sacro strumento, Link lo insegue a piedi, precipitando nel bizzarro passaggio. Il sentiero si snoda in modo innaturale, conducendolo improvvisamente a una sporgenza. Perdendo l'equilibrio, Link precipita in un abisso disorientante, atterrando con un tonfo su un grande Fiore Deku molto più in basso. Alza lo sguardo e vede il Ragazzo Teschio, affiancato da Tatl e Tael, che lo aspetta. Sollevando l'Ocarina in modo beffardo, il Ragazzo Teschio scatena una terrificante maledizione. La magia oscura avvolge Link, torcendogli dolorosamente il corpo e rimpicciolendolo nella forma lignea di un indifeso Cespuglio Deku.
Compiuta la sua crudele azione, Skull Kid si lancia attraverso una porta vicina con Tael, abbandonando Tatl senza pietà. Intrappolata e inizialmente incolpando Link della sua situazione, Tatl si rende presto conto di essere bloccata con l'eroe trasformato. Cercando di riunirsi al fratello e affrontare Skull Kid, controllato dalla maschera, accetta a malincuore di aiutare Link a esplorare questo strano luogo.
Passando attraverso la porta, Deku Link e Tatl non emergono di nuovo nel bosco, ma nella base scarsamente illuminata di una colossale Torre dell'Orologio. Sono inciampati in Termina, un mondo parallelo a Hyrule. Qui incontrano immediatamente l'enigmatico Felice venditore di maschereRiconosce la maledizione che affligge Link e rivela la terribile verità: la malvagia Maschera di Majora gli è stata rubata e incarica Link di recuperarla entro un breve lasso di tempo. tre giorni.
Uscendo dalla Torre dell'Orologio e addentrandosi nel vivace centro di Clock Town, il vero orrore diventa evidente. La Luna di Termina, minacciosamente bassa nel cielo, è sospesa, con il volto contratto in una smorfia terrificante e maligna. Grazie al potere della Maschera di Majora, Skull Kid l'ha mandata in rotta di collisione. In soli 72 ore, la Luna si schianterà, annientando Clock Town e tutta Termina.
Intrappolato in un corpo estraneo, in una terra sconosciuta che si trova ad affrontare una fine imminente, la ricerca di Link diventa disperatamente urgente. Riuscirà a navigare in questo mondo condannato, a trovare un modo per riacquistare la sua forma Hylian e a recuperare... Ocarina of Time per manipolare il flusso di queste ultime ore, salvare Epona, fermare il Ragazzo Teschio, recuperare la pericolosa Maschera di Majora per il Venditore e salvare Termina dalla distruzione totale prima che scada il tempo? Il conto alla rovescia di tre giorni è iniziato.
